В разделе вкладок предпочтений Safari при проверке третьей опции "Confirm before closing multiple tabs or windows" Safari спросит прежде, чем выйти, если у Вас будут больше чем одна вкладка или открытое окно. Это не попросит подтверждение, если у Вас будет только один открытый, но от того, что Вы говорите, который не должен быть главной проблемой, если бы Вы означали закрывать окно так или иначе.
Я повторно отображаю ярлык пункта меню Quit Safari на ⌥⌘ Q (Option-Command-Q) использование вкладки “Keyboard Shortcuts” “Клавиатуры и Мыши” предпочтительная панель в Установках системы.