Я использую: http://www.sequelpro.com/
также, как насчет белки? http://squirrel-sql.sourceforge.net/
Можно использовать MySQL Workbench, это на самом деле довольно хорошо.
Существует список функций на Википедию, http://en.wikipedia.org/wiki/MySQL_Workbench#Features
Не отнимая у 2 прекрасных клиентов, которые предлагались, можно просто использовать факт, Вам уже установили Apache на Вашей машине и используете phpMyAdmin.
Можно использовать Eclipse и Eclipse Проводник SQL. Необходимо будет настроить с драйверами JDBC.
Navicat свободен для некоммерческого использования.
Я использую SquirrelSQL, поскольку другие перечислили.