Скажите, что у меня есть файл в каталоге, mysite/a.php на машине A и машине B. Файлы не будут иметь никакого различия первоначально.
На машине, если a.php изменяется и затем когда синхронизация сделана от машины B к A, a.php будет иметь изменение, или это будет перезаписано? Что относительно каталогов?
Rsync синхронизируется только в одном направлении.
Если Вы синхронизируете от B до A, то содержание в A перезаписывается (и наоборот). В основном Вы должны, чтобы выбрать одну основную машину и внести все изменения там.
Если изменения должны быть сделаны в обеих машинах, то Вам будет нужна двунаправленная синхронизация. Унисон является хорошей программой с этой целью.