ffmpeg -i filename.mkv -vcodec copy -acodec copy output.avi
должен сделать это, видеть ответ Ignacio. он прав, это - просто команда для поддержки его ответа
Преобразование от одного контейнера до другого не влияет на качество содержания. Можно страдать от недогрузок, хотя, где кодек внезапно исчерпывает данные для преобразования. Проверьте свои настройки мультиплексора/чередования.