Я задаюсь вопросом, могу ли я получить время изменения файла в миллисекундах при использовании сторонних инструментов или Windows Explorer?
В соответствии с этой статьей (при Синхронизации в Windows), нет, потому что галочка таймера ОС только 64 раза в секунду (Windows XP). Однако для хранения точной синхронизации для других инструкций помимо меток времени файла Вы могли использовать QueryPerformanceCounter, на который ссылаются здесь и здесь.