Любое время Вы делаете любую форму преобразования формата, Вы, вероятно, закончите с некоторой фактической качественной потерей, хотя, если сделано разумно Вы не сможете обнаружить качественную потерю. Я делаю это все время с инструментами как Ручной тормоз.
Для создания жизни легче ffmpeg идет с предварительными установками, чтобы позволить Вам легко устанавливать опции минимизировать обнаруживаемую потерю качества. Необходимо было кодировать к x264 затем, Вы могли использовать -vcodec libx264 -vpre lossless_medium
например.
Ваш выбор будет зависеть от Вашего желаемого целевого формата, и какие инструменты Вы хотите использовать.