На основе моего опыта с Ручным тормозом в Windows и Linux: это не использует mencoder. Вместо этого это предлагает свой собственный интерфейс командной строки: HandBrakeCLI.
В Windows можно нажать Show Queue
>Queue
>Generate Batch Script
экспортировать сценарий, который содержит все параметры командной строки, переданные HandBrakeCLI. Хотя Ваша ссылка на "Окно Действия" приводит меня полагать использованию Mac OS X такая опция может существовать на версии Mac также.