Какую версию zip Вы используете? Я имею:
$ zip -v
Copyright (c) 1990-2008 Info-ZIP - Type 'zip "-L"' for software license.
This is Zip 3.0 (July 5th 2008), by Info-ZIP.
И если я создаю некоторые каталоги:
$ mkdir -p a/{b1,b2}
И затем создайте zip-файл:
$ zip -r file.zip .
adding: a/ (stored 0%)
adding: a/b1/ (stored 0%)
adding: a/b2/ (stored 0%)
Получающийся архив, кажется, имеет пустые каталоги:
$ unzip -l file.zip
Length Date Time Name
--------- ---------- ----- ----
0 01-11-2011 11:54 a/
0 01-11-2011 11:55 a/b1/
0 01-11-2011 11:54 a/b2/
--------- -------
0 3 files