Ваш вопрос неоднозначен.
cp -l "$SRCDIR"/* "$DESTDIR"
find "$SRCDIR" -mindepth 1 \( -type d -printf 'mkdir "$DESTDIR/%P"\n' \) -o \
\( -printf 'cp -l "%p" "$DESTDIR/%P"\n' \) | DESTDIR="$DESTDIR" bash
Первое создает символьные ссылки на различные объекты непосредственно в $SRCDIR
. Второе воссоздает структуру каталогов и создает символьные ссылки на некаталоги.