Крон, которому требуется больше времени, чем, ему разрешают

cron не должен иметь никакой проблемы при выполнении задачи снова даже при том, что первый не закончен.

Хотя, проблема могла возникнуть в зависимости от команд, Вы работаете (т.е. если они оба запись в тот же файл)