OS X скрывает файлы и папки, которые запускаются с точки '.' по умолчанию.
Существуют приложения сторонних производителей для сокрытия других файлов также, как MacHider
Я не знаю о программах, которые делают это, но можно всегда пытаться найти больше на Google.
Обновление
Я нашел другое решение в Терминале:
chflags hidden file/folder
Это скрывает файл или папку от Средства поиска. nohidden
восстанавливает видимость.
Вы могли сделать applescript, который скрывает все .pyc
файлы в текущей папке, и добавляют его к Вашей панели инструментов. Или Вы могли просто выполнить команду для рекурсивного вызова целой файловой системы (хотя это обычно - не хорошая идея),