Я думаю, что важный момент - то, что ярлыки являются просто файлом. У них есть размер (Маленький, что просто ссылки, где они указывают) и они требуют, чтобы приложение поддерживало тот тип файла, чтобы использоваться.
Символьная ссылка является уровнем файловой системы, и все рассматривает его как исходный файл. Для приложения не нужна никакая специальная поддержка для использования символьной ссылки.
"Символьная ссылка" может на самом деле действовать как замена каталога или файла функциональным способом, и является наиболее часто используемой в средах Unix/Linux. Хотя существует, по-видимому, поддержка этого в Windows, я еще не видел фактического использования его.
"Ярлык" является просто регулярным файлом, который имеет ссылку на целевой файл или каталог наряду с некоторыми другими вещами как значок, который будет отображен. В отличие от Символьной ссылки, Вы не можете "CD./shortcut-name" в DOS (в Unix/Linux, Вы можете "CD./symlink-name", и это будет работать точно так же, как реальный подкаталог).
Кроме того, в большинстве Приложений Windows, когда Вы нажимаете на Shortcut в любом Файле->, Открывают диалог GUI, Ваше поле имени файла заполняется с именем файла того ярлыка, а также им действующий как подкаталог, в то время как в Unix/Linux GUI рассматривает Символьную ссылку как путь (не изменяя поле имени файла).