FTP использует 2 канала для коммуникации, данные ftp (20) и канал (21) управления ftp. В зависимости от того, как Вам настроили его, активный или пассивный, это потребует другой конфигурации.
Windows делает вещи легче вследствие того, что можно позволить определенные исполняемые файлы вместо определенных портов. Можно принять решение позволить исполняемый файл FTP-сервера, или поместить сервер в пассивный режим и позволить порты 20 и 21.