Существует ли замена терминала мультивкладки для терминала Cygwin?
Можно использовать Консоль для достижения этого. Просто настройте Shell под Страницей настроек для указания на Cygwin.bat.
Стандартным ответом на этот вопрос является Экран GNU.
Википедия имеет некоторые альтернативы, такие как tmux.