GIMP может работать с gif файлами, они появляются точно так же, как нормальные изображения, но каждый кадр в их собственном слое.
Если Вы ищете программируемое решение, у меня был хороший опыт с ImageMagick.
Лучший из всех, оба свободны и с открытым исходным кодом!:-)
Относительно учитывая этот вопрос спрашивают Так, я собираюсь пойти с: GdiPlus выставляет API в Windows, который можно использовать в чтение и записать файлы GIF (среди других форматов файлов). Вы сможете объединить произвольное число исходных изображений в анимированный gif.
Можно проверить некоторые генераторы Sprite CSS там. Они разработаны для объединения, файлы повторного изображения в единственный файл для сокращения количества соединений должны были загрузить веб-сайт.
Некоторые примеры:
http://csssprites.com/
http://spritegen.website-performance.org/
http://csssprites.org/