Microsoft Virtual Server работает как программа на машине и обеспечивает виртуализацию как обычную программу (все быть ею эффективным и хорошим способом). Так, Вы запускаете Windows, выполнения Виртуального сервера как программа сверху Windows и любых выполнений VM в нем.
Hyper-V, с другой стороны, является HyperVisor, он находится на очень низком уровне в системе и использовании интерфейса управления, Вы связываетесь непосредственно с ним. Даже оригинал Windows, что Вы устанавливаете функцию Hyper-V от (не используя одинокий Сервер Hyper-V), становится виртуальной машиной сверху гипервизора (со специальными полномочиями).
Hyper-V и другие основанные на гипервизоре программы виртуализации являются будущим - они предлагают намного более высокую производительность, надежность и другие функции.