Я не знаю ни о каком GUI, который работает над OSX/Linux/Windows. Однако необработанный файл конфигурации легко читать и понять. Это хорошо документируется и только занимает некоторое время для установки.
http://synergy2.sourceforge.net/configuration.html
В основном необходимо вызвать экраны (компьютеры, которыми Вы управляете), ссылки (computer1 имеет/вниз/левый/исправлять computer2), и псевдонимы (имена хостов компьютеров).
Однако http://code.google.com/p/quicksynergy/ работает над OSX и Linux, и я полагаю, что версия для Windows идет с GUI.