IE8 раньше имела панель фаворитов на левой стороне, теперь IE9 переместил ее в правую сторону. Существует кнопка, которая перемещает его в левую сторону, но настройки не сохраняются. После того, как Вы закроете панель и вновь откроетесь, она подходит справа снова.
общее случайное предположение, но некоторые программы, которые я замечаю, не может сохранить настройки или записать им в реестр, если Вы не запускаете программу как администратор. Попробовать это?