возможно, при щелчке правой кнопкой по значку программы сделайте свойства... затем переходят к ярлыку... и при выполнении, существует опция для нормального окна, максимизируемого, минимизированного. Попробуйте минимизированный.
Иначе можно загрузить программу, которая прикрепляет другие программы в лоток.
Вы могли попытаться выполнить его как услуга. Хотя я не уверен что сервисная функция работ совместных действий это хорошо в Windows 7