Kaspersky не должен мочь обнаружить вирус в самой виртуальной машине, просто вирус на Вашем ПК.
Нет действительно много, можно сделать кроме отключения Kaspersky или использования исключения на папке, которая содержит вредоносное программное обеспечение, которое Вы хотите скопировать в виртуальную машину.
Намного более безопасный путь, состоит в том, чтобы обойти Kaspersky все вместе и загрузить/получить вредоносное программное обеспечение с источника на виртуальную машину непосредственно.