При использовании ssh, мои файлы будут отправлены по Интернету или по локальной сети? Как настроить правильно?
В зависимости от того, является ли удаленная машина на той же LAN или в удаленной сети с промежуточным Интернетом. SSH по определению шифруется, таким образом, он создаст туннель между Вашей машиной и удаленной машиной.
SSH является протоколом клиент-сервер. Как таковой это будет направлено непосредственно к удаленной системе. Для систем на Вас трафик LAN будет направлен по LAN. Для систем в Интернете, но не в Вашем трафике LAN направит по Интернету.
Брандмауэры могут предотвратить доступ к и/или из Интернета.
Править: Я избежал отвечать на Ваш заголовок. SSH часто отмечал QOS (Качество обслуживания) для более быстрой доставки по сети. Это может быть изменено брандмауэрами, но я делаю это часто делается. Никакая конфигурация не должна требоваться, чтобы это работало.
Главным фактором скорости для соединений SSH является вплотную задержка. Это зависит от доступной пропускной способности сети и расстояния между клиентом и сервером. Для SCP размер сетевого окна может также быть фактором.