Используйте команду аккомпанемента в соответствии с cmd.exe
[C:\]comp /?
Compares the contents of two files or sets of files.
COMP [data1] [data2] [/D] [/A] [/L] [/N=number] [/C] [/OFF[LINE]]
data1 Specifies location and name(s) of first file(s) to compare.
data2 Specifies location and name(s) of second files to compare.
/D Displays differences in decimal format.
/A Displays differences in ASCII characters.
/L Displays line numbers for differences.
/N=number Compares only the first specified number of lines in each file.
/C Disregards case of ASCII letters when comparing files.
/OFF[LINE] Do not skip files with offline attribute set.
To compare sets of files, use wildcards in data1 and data2 parameters.
Чтобы просто видеть, отличаются ли они, Вы могли MD5 их. Для более подробной информации о различиях существует GNU DiffUtils для Windows.