Если Вы выполняли версию 3 VirtualBox OSE, и Вы пытаетесь обновить до VirtualBox 4, необходимо будет, вероятно, удалить версию 3 прежде, чем установить версию 4.
Конечно, в Ubuntu эти две версии используют различные имена пакета, таким образом, простое обновление не возможно.