хорошо я не имею прав комментария, но я просто спросил и ответил на подобный вопрос на Unix stackexchange - https://unix.stackexchange.com/questions/13207/is-it-possible-to-raise-a-window-using-dbus-in-gnome3
Я думаю, что тот же прием должен работать на gnome2 также, если это - то, что Вы используете.