как скопировать все файлы от одного местоположения до другого в Linux

Если магнитный каталог существует, можно использовать следующую команду:

cp -R /var/www /media/magneto

Если это уже не существует, можно использовать следующую команду для создания его:

rsync -av /var/www/ /media/magneto

cp -pRiv /var/www/{*,.*} /media/magneto

и, соответствуя от ответа Thomas:

pushd /var/www; cp -R . /media/magneto; popd;