При использовании VMware существует инструмент под названием VMware Converter, который может сделать образ виртуальной машины из машины.
Вы ищете что-то названное P2V (физический к виртуальному), большинство решений VM имеет его. Но Вы получите лучшие ответы на отказе сервера.
XenConvert сделал удивительное задание при преобразовании сервера SVN\Build к vhd и его свободного!
Вы не упоминаете, какой VM Вы используете, но я имел некоторый успех с помощью Помощника VMware P2V. У меня было несколько проблем HAL, пытающихся загружать (BSOD) изображения, сгенерированные от P2V, но они могут обычно разрешаться путем удаления большинства сторонних драйверов и замены HAL.DLL и NTOSKRNL.DLL
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/ee656415.aspx имеет инструмент для преобразования реальной машины к виртуальному. Sysinternals имеет некоторые хорошие инструменты, и можно попробовать его бесплатно, таким образом, не очень проиграть