Основы Защиты Microsoft заменяют Windows Defender?

Да. Windows Defender защищает от рекламного программного обеспечения и шпионского ПО, в то время как MSE делает все это и больше (защита от вирусов, руткитов, и т.д.).

MSE на самом деле отключит Windows Defender для управления защитой ПК в реальном времени. Кроме того, от страницы Essentials Wikipedia безопасности:

Основы защиты Microsoft (MSE) (Ранее под кодовым названием Morro) являются свободным антивирусным программным обеспечением, созданным Microsoft, которая обеспечивает защиту против вирусов, шпионского ПО, руткитов и троянцев для Windows XP, Vista, и 7.

MSE заменяет Windows Live OneCare — сервис антивируса подписки — и Windows Defender, который только защищает пользователей от рекламного программного обеспечения и шпионского ПО.