Vim игнорирует псевдонимы

Vim 'игнорирует' Ваши псевдонимы, потому что Ваша оболочка не находится в 'настроении' проанализировать Ваш .bash_profile/.bashrc (Вы не указывали, где Ваши псевдонимы определяются), потому что это не запускается как оболочка входа в систему / интерактивная оболочка (чтение здесь для обнаружения больше о том, что читается когда и по какой причине).

Так, у Вас есть несколько опций:

1. Поместите код, который Вы используете в Вашем pdflatex псевдоним в сценарий и вызов это
2. vimrc: 'set shell=/bin/bash\ -l', поместите свои псевдонимы в .bash_profile
3. Назовите свою оболочку как интерактивную оболочку / оболочку входа в систему: :! bash -l -i -e 'pdflatex .'