KeePassX является замечательной программой хранения пароля, но он не использует Gtk и не интегрируется хорошо вообще с Gnome. Существует ли эквивалентная программа, разработанная для Gnome?
Попробуйте брелок для ключей гнома. Это - стандарт для гнома в каждом дистрибутиве, который я когда-либо использовал, и интегрируется беспрепятственно.