попробовать ls -a
видеть, существует ли какой-либо скрытый файл.
Можно удалить рекурсивно использование rm -r
Попробовать
ls -a -l
Для показа скрытых файлов затем удалите их.
Или, чтобы вынудить каталог и все в нем быть удаленным, попробуйте:
rm -r directory