Программа для группировки файлов от одной большой папки в несколько меньших?

Зависит от того, как Вы хотите отсортировать их. Они все - различные типы? Командная строка очень удобна для этого.

пример:

C:\>mkdir JPEGS writtendocs spreadsheets
C:\>cd huge_folder
C:\huge_folder\>move *.jpg ../JPEGS
C:\huge_folder\>move *.doc ../writtendocs
C:\huge_folder\>move *.xls ../spreadsheets

Существует свободный графический инструмент для выполнения подобных операций, соответственно названного Вида Файла, который может помочь Вам вид именем файла, возрастом и размером:

Бельведер от редактора Lifehacker мог бы быть полезным.

Используйте дружественный интерфейс Бельведера для создания усовершенствованных правил переместить, скопировать, удалить, переименовать, или открытые файлы на основе их имени, расширения, размера, даты создания, и т.д.

Вот полностью не протестирован :) сценарий жемчуга к виду на основе первого символа в имени файла

use File::Copy;

# base directory of where we want to copy files
my $destdir = "destdir";

opendir("dir_to_sort", DH);
my @files = readdir(DH);
closedir(DH);
foreach my $file (@files)
{
   # skip . and ..
   next if $file =~ /^\.$/;
   next if $file =~ /^\.\.$/;

   # This is where you'd figure out where you want to put the file
   # in this example we're just looking at the first char.
   # so a file named "HelloWorld" would be copied to $destdir/H/HelloWorld
   # pull the first char
   $file =~ /^(.).*/;
   my $target_dir = $1;

   mkdir("$destdir/$target_dir") unless -d "$destdir/$target_dir"

   # you could use move instead of copy here
   copy($file, "$destdir/$target_dir/$file");
}

Действительно, это полностью не тестируется, если Вы проигрываете, все путем выполнения этого, не жалуйтесь, что я не предупредил Вас.:)