Технически Да. Можно встретиться с проблемами, если Вам присвоили Права доступа каким-либо папкам или файлам на диске, но с достаточным определением можно добавить новые учетные данные к Полномочиям.
Предусмотрительно Вы могли бы также хотеть разъединить диск, который Вы не форматируете во время Формата и Windows Installation.
Да. Как долго как тогда, когда Вы переустанавливаете Windows, Вы удостоверяетесь (на избранном экране раздела), что не коснулись своего вторичного диска. Установка Windows только отформатирует целевой раздел.
Как всегда с проблемами данных не делают этого к торопливо, удостоверьтесь, что Вы проверяете дважды прежде, чем совершить нападки, любой подтверждает кнопки и знает то, что произойдет.
Для создания дополнительным уверенный, можно, конечно, удалить вторичный жесткий диск (с отключенным питанием, конечно, :)) затем нет никакого риска установки Windows, вытирающей его.