Я думаю, что это - то, что Вы ищете:
https://stackoverflow.com/questions/346107/creating-a-shortcut-for-a-exe-from-a-batch-file
Можно использовать утилиту NirCmd http://www.nirsoft.net/utils/nircmd.html
пример
nircmd.exe shortcut "C\Windows:\System32\calc.exe" "C:\Calculators" "Windows Calculator"