Почему мой поток прекращает загружать, когда загрузка завершается?

Это точно, когда Вы заканчиваете загружать все время? Если это не Вы, может не замечать отношение доли. Bitcomet имеет функцию, где он может прекратить загружать после достижения определенного отношения доли. Можно проверить это под Опциями-> Предпочтения-> Задача:

Значение по умолчанию не является "никаким пределом".