Если Вам уже включили пользователь root и пытаетесь войти в систему в экране входа в систему gdm, попытайтесь проверить файл/etc/gdm/custom.conf на свойство AllowRoot. Это должно иметь значение true.
[security]
AllowRoot=true
Вам, вероятно, придется добавить те строки к файлу. Перезапустите gdm, и необходимо смочь войти в систему как пользователь root.
Кроме того, существует свойство AllowRemoteRoot, при попытке войти как корень в машину от другой машины.
Я действительно сомневаюсь, что необходимо сделать это. Просто используйте gksudo anyprogram для выполнения его как корня.
И, если Вы действительно, действительно хотите выполнить GUI как корень, можно просто сделать (в текстовом терминале - Alt-1 - Alt-6):
> sudo /etc/init.d/gdm stop
> su - (if you already have enabled the root login)
# startx
Я едва вижу любые основания для проигрывания с конфигурацией gdm, как, что Вы просите, не должна быть регулярная ситуация, как, каждый раз, когда Вам нужен он, можно приложить дополнительные усилия.
Если Вы хотите пойти 'su' как в debian, Вы можете 'sudo su'.