это зависит, где Вы "устанавливаете" свои переменные среды. эквивалент Вашему примеру удара был бы похож на это:
файл: env.bat
set FOO=bar
и теперь Вы обновляете его
% call env.bat
но я думаю, что Вы сделали это через windows-system-settings-dialog (или независимо от того, что его имя). результат этого состоит в том, что Вы на самом деле изменили реестр. эти настройки реестра отображаются в процесс при запуске нового процесса.
таким образом можно или запустить новый процесс (cmd.exe в случае), ИЛИ можно считать ключи реестра, отражающие изменения, которые Вы хотите. Вы могли также записать немного .bat / .cmd сценарий, который получает среду из реестра и изменяет текущую среду accordlingy (если настроение ударяет меня, что я сделаю это после ланча).