Как Вы мешаете Skype синхронизировать с Вашими контактами iPhone?
Это, кажется, делает синхронизацию каждый раз, когда Вы синхронизируете свой iPhone в iTunes. Не уверенный, как выключить это.
Необходимо явно выключить "Выставочные Контакты Адресной книги" (несмотря на меня имеющий его на) в общих настройках, чтобы препятствовать тому, чтобы Skype захватил контакты iPhone.