Как открыть некоторое отделение на новой вкладке в существующем окне наутилуса? (от консоли)

Нет, я боюсь, что Вы просите impossbile.

Вам были бы нужны dbus или что-то для этого. Или встроенное управление в Наутилусе. Печально насколько я знаю, что нет ничего как этот доступный. (Это не разделит его как n1t3 (окно Nautilus1, вкладка 3)).