Если у Вас не будет разрешения к (по) файлам записи в дереве каталогов $HOME/.netbeans, то NetBeans не сможет обновить свое состояние. Можете быть Вы, запустил NetBeans как пользователя root, в то время как $HOME все еще указывал на Ваш каталог входа в систему.
Не может проверить его в данный момент, но я надеюсь, это помогает.