Как я могу выполнить командную строку Windows в фоне?

Ваш вопрос довольно неопределенен, но существует сообщение на ServerFault, который может содержать информацию, в которой Вы нуждаетесь. Ответ там описывает, как выполнить скрытое окно пакетного файла:

Вы могли выполнить его тихо использование файла Windows Script вместо этого. Метод Выполнения позволяет Вам запускающий скрипт в невидимом режиме. Создайте a .vbs файл как этот

Dim WinScriptHost
Set WinScriptHost = CreateObject("WScript.Shell")
WinScriptHost.Run Chr(34) & "C:\Scheduled Jobs\mybat.bat" & Chr(34), 0
Set WinScriptHost = Nothing

и запланируйте его. Второй аргумент в этом примере устанавливает стиль окна. 0 означает, "скрывают окно".