как я делаю я копирую все файлы от dir до другого dir и выхожу из файла, уже существуют и не перезаписывают его, с помощью команды CP под песнями Linux
Вы могли попробовать
cp -Rn dir1 dir2
-R означает рекурсивный (подкаталоги процесса), и-n означает, не ударяют (не перезаписывайте).
