Автоматически запуская программу не в основной папке

Это не работает потому что . или ничто не отображается на текущую папку.

Я думал бы, что это просто будет:

open=\folder\program.exe

\ карты к корню, предостерегитесь, потому что это могло отобразиться через системный диск все же.

Безусловно, Вы могли бы хотеть использовать:

open=D:\folder\program.exe