Существует ли способ сделать снимок экрана того, что находится на экране удаленно зарегистрированный та машина с ssh?
Vnc бесполезен, начиная с AFAIK он не может взять владение существующего X сессий.
Вы могли бы хотеть попробовать это:
xwd -out screenshot.xwd -root -display :0.0
Это сохранит снимок экрана к screenshot.xwd, который GIMP должен смочь открыть. Проверьте xwd страницу справочника здесь: http://linux.die.net/man/1/xwd