Нет это не плохо и не нанесет ущерба. Но некоторые программы могли бы зависеть от других файлов (DLLs, возможно) в архиве, и те программы не выполнятся (или может выполнить и сообщить о странной ошибке).
В значительной степени Вы в безопасности попробовать его и видеть; если это не работает, извлеките архив и попробуйте еще раз.