Средняя вставка мыши может быть отключена в MacVim со следующей конфигурацией:
nnoremap <MiddleMouse> <Nop>
nnoremap <2-MiddleMouse> <Nop>
nnoremap <3-MiddleMouse> <Nop>
nnoremap <4-MiddleMouse> <Nop>
inoremap <MiddleMouse> <Nop>
inoremap <2-MiddleMouse> <Nop>
inoremap <3-MiddleMouse> <Nop>
inoremap <4-MiddleMouse> <Nop>
Они удалят всю функциональность средней кнопки мыши (Изменитесь <NOP>, если Вы на самом деле хотите, чтобы средняя кнопка сделала что-то).