Это возможный сделать следующее с rsync:
Я должен синхронизировать все файлы с расширением .zip от всех подкаталогов определенной папки к другой единственной папке. Мне нужны все файлы, которые будут скопированы в ту же папку.
Также это должен быть один путь так, чтобы, если файл удален в целевом каталоге, файл не был скопирован снова на следующей синхронизации. Это будет все сделано на той же папке.
Нет Вы не можете сделать этого непосредственно. Если, как Вы говорите, не копируют, которые не находятся на месте назначения, это не передало бы новые файлы.