обновите-rc.d ошибку урожаев

update-rc.d: using dependency based boot sequencing не ошибка. Это говорит Вам, что использует новую основанную на зависимости начальную загрузку вместо старой основанной на последовательности начальной загрузки.

Если/etc/rc3.d/SXXnginx существует, то он работал. Кроме того, какую версию Debian Вы используете? -f флаг должен только использоваться при удалении объекта запуска, не для добавления того. Или Вы пытаетесь удалить его? Ваш вопрос мог быть немного более ясным.