Шаблоны iPhone OS могут быть найдены в /Developer/Platforms/iPhoneOS.platform/Developer/Library/Xcode/Project Templates
по умолчанию, в то время как шаблоны проекта Mac OS X могут быть найдены в /Developer/Library/Xcode/Project Templates
Есть ли какие-либо папки/файлы в папке, содержащей шаблоны iPhone OS, и/или действительно ли они - дубликат шаблонной папки проекта Mac OS X?
Одна опция, которую можно попробовать, переустанавливают iPhone SDK (при необходимости удаляют /Developer
папка, если бы Вы хотите запуститься новый), другой должен был бы восстановить папку Project Template iPhone OS от резервного копирования.