В irssi я хочу, чтобы все выделения и все URL были пойманы в два отдельных окна. Т.е. то, когда другой пользователь выделяет меня, то сообщение также появится в новом/другом окне вместе с уведомлением, о котором направляют это сообщение, было представлено.
Есть ли какие-либо irssi сценарии или что-нибудь, что зафиксирует это для меня?
Я не знаю о URL, но сценарии hilightwin.pl
делает точно, как Вы описываете для выделений и личных сообщений. Любые сообщения, содержащие выделения или личные сообщения, отправленные Вам, дублированы в окно, названное "hilight". Просто покажите и липкий это окно для создания его всегда видимым:
/window new
/window name hilight
/window goto 1
/window show hilight
/window stick on