Как я могу установить Thunderbird, так сохраните сообщение как непрочитанное в папке все время

Thunderbird Mozilla основан на Платформе разработки Mozilla и имеет ту же Дополнительную возможность Расширений, которую имеет Mozilla Firefox.

Я не думаю, что существует способ сделать то, что Вы хотите сделать исходно, но если Вы знаете, как создать Расширение Firefox, Вы могли изучить создание Расширения Thunderbird, которое могло контролировать Вашу папку и всегда отмечать сообщения как непрочитанные.

Расширения Thunderbird расширяют функциональность приложения, давая программистам способность добавить дополнительную функциональность к нему с помощью дополнительной архитектуры, которая подобна тому, как работают плагины.

Вот информационный центр для создания Расширений Thunderbird: https://developer.mozilla.org/en/Extensions/Thunderbird